郑德十六年，武宗驾崩，朱厚熜继位，嘉靖建元。李颜稳被任命为皇家医院的官员。的好朋友吴因给小公主治错了病而被关进了监狱。临终前，吴药师将女儿吴托付给李时珍。长大后，李时珍进入阳明书院学习，并与靖王朱成为同学。朱希望把李时珍争取过来为自己所用，但被李时珍严词拒绝。朱和李时珍成了死敌。李时珍偶遇美少女朱昌，却发现她脉象异常，生命垂危。李时珍治疗了她多年，他们相爱了。一次偶然的机会，李时珍发现这个女孩其实是王宓国王的君主。对于李时珍来说，获得名声和官位并不是不可能的。当朱成毅得知李时珍正在赶考时，他派人去贿赂考官。李时珍被考官诬陷舞弊，被逐出考场。李时珍心滞，病不起。常嘉偷偷寄信与李时珍商量私奔的事，但他没有得到任何回应。当他感到失望时，他的病情恶化了，他躺不起。靖王急忙命令李颜稳为他的女儿看病，但李时珍快死了，李颜稳不能离开。在关键时刻，于斯站出来承认他的药膳是治疗公主的关键，并作出了生死声明，并进入王宫治疗疾病。成毅要求于斯和他在一起，享受皇宫里的荣华富贵，但于斯拒绝了。李时珍最终与于斯结婚，并开始跟随父亲行医。经过几轮考试，李时珍终于进入了太医院。此时，朱昌拜道士陶闻仲为师，整天沉迷于炼丹和吃药丸。蓝兴义与已经成为费阳的杨雪莹勾结，利用他的医术在后宫兴风作浪；朱也来到北京，与勾结，贪婪无道；荆王与的太子之位、严嵩与徐阶之间有着激烈的政治斗争。李时珍卷入了这场复杂而诡计多端的宫廷斗争...李时珍发现他体内有铅中毒的迹象，所以他呼吁他停止服用丹，但他不听，他们发生了激烈的争吵。李时珍劝嘉靖要求皇帝停止服用丹药。嘉靖大怒，拒绝了他重建本草的提议。嘉靖吃了医生赠送的长生不老药，突然病重晕倒。严嵩父子趁机把罪责推到李时珍身上，把他关进了监狱。公主发现真凶是朱和购买的假鹿茸。把朱推到了台前，成了替罪羊。嘉靖斩了朱，靖王痛失爱子。李时珍终于进入泰医院的禁地，找到了吴宗智的真正死因。他发现吴宗智的死是一个巨大的阴谋，而且与嘉靖有关...李时珍为华南平反昭雪的想法成了泡影。公主长期中毒，最后死了。李时珍心灰意冷，他很失望。他将全部精力投入到本草的研究中，希望人们从此能够辨别真伪，世界上不再有假药害人。李时珍回到周琦，安营扎寨，亲自试药，为编写《本草》收集第一手资料。当年，仇富雄以商人的身份来到李时珍身边学医。李时珍看出了他的诚意，收留了他。小腾发现了《本草纲目》的手稿，他突然心虚了。他趁李时珍不备偷走了手稿。于斯拦住了肖腾。虽然他保存了手稿，但不幸被杀害。李时珍悲痛欲绝。万历十四年左右，《本草纲目》编纂完成，王世贞答应为其作序。万历皇帝收到了王世贞的来信，命令李世贞进京献书。但就在李时珍准备离开时，天花在周琦附近流行起来，李时珍决定暂时不去北京，并赶往疫区为人们治病。在李时珍等人的努力下，“天花”得到了控制。但李时珍自己也因劳累过度病倒了。临终前，李时珍叮嘱建元向朝鲜献上《本草纲目》，以保佑世人和子孙后代。在幻觉中，李时珍似乎看到《本草纲目》被献给了皇帝。三年后，李健源将《本草纲目》献给了宗申。各教派的使者将《本草纲目》送到日本、朝鲜等地，使中华文明造福世界。