继续上一季的故事，原来穆德被骗了，在及时发现错误后，他与史高丽勾结欺骗政府高层官员，以便潜入一个“普通美国联邦调查局特工不应进入”的地方收集所需信息。这一季越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉的子宫在被绑架时被切除了，但今年她的孩子艾米丽出现了。今年，制作组甚至找了两位著名科幻作家来执笔和客串了两集的剧本。今年还有一集喜剧。为了配合电影的上映，整个X档案增加了一些人物和内容，“辛迪加”的阴谋越来越明显，穆尔德再次接近真相。穆德前女友的出现也对穆德和史卡利之间的关系造成了极大的考验。当吸烟者烧掉所有X档案时，这一季就结束了。