该剧主要讲述了人类与赛昂人之间的战争，以及5万幸存人类寻找新家园——地球的故事。

在宇宙中一个未知的地方，有一个由12个人类殖民地组成的星际国家。为了方便起见，人类创造了一个具有独立思想和感情的机器人来为人类服务，但人们万万没想到，这些本该帮助人类的机器人，竟然会把头转向自己。——赛昂人起来反抗人类，人类自己制造了他们。

经过十多年的浴血奋战，双方停火，赛昂人离开了殖民地，建立了自己的家园。40年的和平之后，人们放松了警惕。赛昂人制造了一些一模一样的机器人渗透到人类世界，瘫痪了人类的防御系统，摧毁了太空堡垒舰队，用核武器将殖民城市化为灰烬。太空堡垒卡拉狄加是唯一幸存的航空母舰。在船长阿达玛的指挥下，带领数十艘各式各样的民用船只和近5万幸存的人类逃离了殖民星系，开始了寻找人类第13个殖民地——地球的旅程。

在第二季的结尾，赛昂人占领了人类的新殖民地——新卡布里卡。人类的命运将会如何？