《仙剑奇侠传3》的故事发生在五十年前的第一代《仙剑》。那时，李三思刚刚发出一个裸体孩子的第一声啼哭；巫后还是个襁褓中的婴儿，而大剑师还没有拜过蜀山修仙...锁妖塔顶部突然坍塌，封印解除，给人间带来了邪恶。前因后果可以追溯到几千年前的神界。因为两个世界的冲突，神将军的飞天蓬和魔将军的帕里斯屡战屡败，一直难分胜负。帕里斯提出要在一个新发现的天体世界与飞行天蓬决斗。一场比赛下来，飞天蓬因为天庭规则犹豫再三，最后还是因为经不起巴黎的诱惑同意了。两人势均力敌，较量了许久，终于惊天动地。皇帝派兵攻占飞天蓬，飞天蓬因感知追兵来了而分心。他的剑被一座沉重的建筑撞倒，他被打败了...时光荏苒，飞天蓬被诸神贬为凡人。几经轮回，成了禹州唐门新安典当行的伙计景甜。与此同时，帕里斯从冥界窥探人间，意外发现飞龙转世如此卑微平凡，她想帮助景甜，于是来到人间，骚扰蜀山，想帮飞龙找到她的剑，并意外破坏了锁妖塔，意外得到姜国龙阳王子铸造的魔剑，飞龙第一次在人间。

景甜得到了魔剑，同时也遇到了唐门小姐，从此改变了她的人生。起初，他被卷入了薛健家族的内部斗争和唐门与霹雳堂的斗争。后来他遇到了蜀山弃徒长青和他的未婚妻紫萱，踏上了帮助蜀山寻找五灵珠和封印妖塔的漫漫征途...