卫斯理(刘德华饰)，一个从事追踪调查神秘事件的男人，是联合国外星生物分析局的特别成员，处理一切与地球外星生命有关的事件。有一次，卫斯理在一家古董店参观一具奇怪的蓝色人骨时，遇到了一个蓝血人——一个有着蓝色血液的外星人。她的名字叫方天涯(关之琳)，她的外表和普通的美女没有什么不同。卫斯理正想保住方天涯，附近却发生了外星生物的突袭。隶属于美国联邦调查局的美国外星生物调查机构双X分队奉命到场，由精英兄妹白素(舒淇饰)和白琪伟(张耀扬饰)领衔。白氏兄妹带领X组精锐部队进入事发大楼与A级战斗力的外星生物交战。卫斯理也来帮忙，无奈，输给了一个强大的对手，身负重伤，而方天涯也在这个时候再次出现，用怪力救下卫斯理，杀死了一个强大的外星怪物。原来，方天涯是一颗蓝血星，“深蓝[又名蓝血星]-猎户座最亮的星”。他600年前为了保护蓝血圣经离开了家乡，回程的时候遇到了流星雨。天涯乘坐逃生舱来到地球，他与弟弟失散，蓝色人骨归天涯弟弟谭所有。卫斯理在受伤昏迷期间，被白氏兄妹所救。在照顾卫斯理的同时，不禁为魏暗暗惋惜。但是卫斯理的心里装的是方天涯，方天涯在他脑海里留下了深刻的记忆。卫斯理利用X组最高负责人威尔逊的力量，用脑电波找到了方天涯的下落。然而，为了在美国国会获得绝对的权力，威尔逊利用卫斯理找到了方天涯。白氏兄弟姐妹无法阻止他们，但威尔逊解除了他们的武装，并将其调离岗位...与此同时，两个来自蓝血星的外星生物，杀戮(郑浩南饰)和强奸(黄佩霞饰)，登陆地球。一向和平宁静的蓝血星被残忍的太空入侵者感染了。现在杀奸来找蓝血圣经，获得无限力量。杀人和强奸极其残忍。他们找到了被X组织通缉的大骗子郭博士，见其生命垂危，郭答应带Kill去X总部找方天涯。在小王的指引下，杀奸突然袭击X总部，杀死威尔逊和大量X队员，X总部也自爆。卫斯理、方天涯和白素逃脱了。魏等人回港后与双X交涉，要求其交出谭，得知谭在日本，十分高兴。天涯得知后，立即联系谭某，得知谭某将于次日在香港见面。雅听后情不自禁地亲吻了魏，但他们终于迸发出激情，在一个外星异物和地球人的精神和欲望——上帝之心之间进行了一次彻底的交流...但当她看到这一幕时，苏很难过。第二天，谭突然出现在天涯见面。谭让天涯配合奸杀，交出蓝血圣经就可以回老家。天涯拒绝了，谭用一招就把蓝血圣经和天涯抢走了。谭带天涯到废弃的工厂见面杀人强奸，谭打算做个交易...这时，小女孩通过脑电波联系上了天涯，告诉魏，天涯深爱着他，魏心痛不已。白素赶到，带了一批武器，决定和魏一起与外星生物决一死战，拯救天涯和蓝血经。......